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La domesticación del ambiente (5,000 - 2,000 a.C.)
Con el transcurrir de los años los hombres andinos fueron aprendiendo los ciclos naturales de los animales y plantas. Se dieron cuenta que si recogían todos los frutos y semillas de un valle, al año siguiente no habría nada que recoger, de igual manera si procedían a una caza indiscriminada de animales, les sería muy difícil encontrar otros en los años sucesivos. Hacia el 6,000 a.C. empezó una caza y recolecta selectiva que aseguró a los pobladores del Ande alimentos para las próximas temporadas. Ya no consumían las semillas, solo los frutos o granos maduros, de igual manera ya no se cazaba a todos los animales, sino que dejaban ir a las hembras y a los más pequeños.
Esta revolución condujo años mas tarde al descubrimiento de Agricultura y ganadería y con ello al paso de una nueva secuencia cultural en los Andes. Hacía el 5,000 a.C. se empezó con al domesticación de plantas como la quinua, las calabazas, el pallar y frijol. El cuy y la llama principalmente fueron domesticados desde esta época. Desde el 7,000 a.C. ya se tiene registro en los diferentes estratos de las cuevas y abrigos rocosos de la preferencia en el consumo del hombre por la llama. Se cree que este cambio en la alimentación (camélidos por cérvidos) se debió al descubrimiento de la domesticación de la llama. Este fue un proceso gradual e irreversible, los animales y plantas domesticadas son diferentes a sus ancestros inmediatos, dependiendo cada vez mas del hombre para su subsistencia.
La agricultura para estos años era una incipiente recolecta selectiva pero con mayor cuidado del hombre por juntar y sembrar las semillas. Esta actividad supuso que la trashumancia practicada desde hacía miles de años fuera dejada paulatinamente hasta el total sedentarismo del hombre andino. De igual manera este sedentarismo lo obligó a salir de las cuevas y abrigos rocosos para establecerse donde las tierras fueran más fértiles, principalmente valles. Este proceso duro miles de años hasta la aparición de aldeas y centros urbanos (aprox. 2,500 a.C.)
El sedentarismo tuvo varias etapas pero se sabe con seguridad que apareció posteriormente a la domesticación de camélidos y una rudimentaria vida pastoril. A medida que los valles fueron cultivados, los hombres andinos eligieron como lugar de residencia las márgenes de los ríos y los valles interandinos y costeños. Los restos hallados en las distintas excavaciones revelan para este periodo un significativo aumento de la población.
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