La agricultura para fines del XVIII no estaba muy desarrollada, en parte por la costumbre de importar productos manufacturados y alimentos, siendo uno de los principales el trigo proveniente de Chile. Las exportaciones agropecuarias peruanas se basaban en cacao, cascarilla, lana de vicuña y cobre chileno, lo cual era evidentemente insuficiente. Nuevamente la alta dependencia de la economía peruana a su extracción de plata tuvo un efecto negativo al agudizar el atraso industrial y agropecuario, es decir, al atrasar la diversificación económica del virreinato.
El comercio marítimo también sufrió diversos cambios, desde el libre comercio y el nuevo apogeo de Buenos Aires, la metrópoli vio la necesidad de flexibilizar aun más el trato con las colonias. Durante el contexto de la guerra, en 1795, se permitió que el Callao y Paita puedan importar esclavos negros y se decretó el libre comercio con los países neutrales, en parte motivado por el bloqueo a Cádiz. Las consecuencias son evidentes, pues las colonias prefirieron en la gran mayoría comerciar con los países neutrales. De los 171 navíos que salieron de puertos americanos en 1796, tan sólo 9 llegaron a Cádiz 1797. La corona española no dejó de recibir un ingreso por este comercio, pues todo producto que ingresara a la colonia estaba gravado con un impuesto. Las consecuencias estuvieron a otro nivel, más en el ámbito político, pues la sensación de lejanía que percibieron las colonias americanas con respecto a España se estaba haciendo cada vez mayor.
El vacío comercial en el Pacífico dejado por España fue llenado por Inglaterra y Estados Unidos. Entre 1788 y 1809 unos 257 barcos norteamericanos desembarcaron en Chile y Perú, mientras que entre 1807 y 1808 once barcos llegaron a costas peruanas y chilenas dejando mercaderías por el valor de un millón de libras esterlinas aproximadamente. La influencia norteamericana e inglesa en el Pacífico se hizo permanente y fue configurando las relaciones comerciales que luego funcionarían en la nueva República.
El contrabando también se incrementó en las primeras décadas del siglo XIX. A través del puerto de Paita, entre 1800 y 1810 el comercio legal significó unos 9,5 millones de pesos, mientras que el contrabando fue de 20 millones.
La saturación del mercado a raíz de la importación productos provenientes tanto del comercio legal como del ilegal provocó una caída de precios vertiginosa que afectó principalmente a las elites comerciantes limeñas. También provocó la casi desaparición de la moneda que debido a los tratos comerciales tradicionales andinos tuvo muchas dificultades para consolidarse en el comercio interno a lo largo de la historia virreinal.
Así, poco a poco los comerciantes limeños tuvieron que voltear la mirada hacia el mercado interno y las minas de Cerro de Pasco y Huarochirí. La recuperación de la población andina contribuyó no sólo a reducir los eternos problemas de mano de obra desde la conquista, sino que produjo el crecimiento del mercado interno, sin ser suficiente frente a la avalancha de mercaderías colocadas en los puertos peruanos.
La minería peruana tuvo un nuevo apogeo hacia 1799 con 637 mil marcos, para caer finalmente hacia 1812. Los casos de Cerro de Pasco y Huarochirí no fueron los únicos, pues Potosí sufrió una crisis similar. Aun así, la plata siguió monopolizando prácticamente el espectro de minerales extraídos en las minas, que por el contrario sí se habían diversificado en una serie de yacimientos menores que no articulaban la economía provincial de manera que lo hicieron los grandes yacimientos en los siglos anteriores. Para 1790, el 80% de los 706 yacimientos mineros no estaba en funcionamiento, o éste era mínimo. El cierre definitivo de la mina de Huancavelica en 1808, el principal abastecedor de mercurio o azogue para las minas de plata, acrecentó el problema de la minería. Pero el principal problema que afrontó la minería peruana y por lo cual quedó prácticamente destruida a fines de la colonia, no fue la falta de mitayos o de azogue, sino la falta de capitales para su renovación. Los mineros afincados en Lima no proporcionaron el dinero suficiente para conservar en buen estado sus minas, lo cual fue fatal para sus intereses a largo plazo. La mentalidad rentista de la elite minera buscaba regresar a los mecanismos antiguos de trabajo forzado para conseguir mano de obra y al suministro de azogue por parte de la metrópoli. En ese sentido dependían directamente de España para salvaguardar sus intereses.
A fines del siglo XVIII y comienzos del XIX vemos que las medidas comerciales liberadoras de la metrópoli han favorecido a los comerciantes de los virreinatos del Río de la Plata y de la Gran Colombia, mientras que afectaron profundamente al comercio limeño basado en el monopolio y el control de flotas. Asimismo, la falta de una diversificación de productos para exportación y la ausencia de industria provocaron que la economía peruana dependiera únicamente de la extracción de plata, la cual era oscilante y cada vez más reducida. El contrabando, la crisis minera de inicios del XIX y la pérdida del circuito comercial alrededor de Potosí bajo los mercaderes del Río de la Plata terminaron por resquebrajar a los comerciantes peruanos. Su intento por recuperar el mercado interno les proveería una serie de enemistades y tensiones con las elites provinciales que finalmente desembocaría en una confrontación que en parte se liberaría a través de los ejércitos que vendrían del extranjero.
