La elite criolla limeña, que según algunos cálculos era de alrededor de 1,500 personas sobre una población citadina de más de 63,800 habitantes, fue la más poderosa, representada en el extremo por los comerciantes acreedores que a su vez dominaban el Tribunal del Consulado. También se encontraban propietarios de minas, haciendas agrícolas y obrajes, entre otras fuentes de riqueza. Parte de la elite también detentó algún cargo administrativo que le otorgó aun más prestigio y poder, pero nunca pudieron detentar los cargos más altos de la administración y el gobierno virreinal, siempre reservados para españoles peninsulares, con los cuales establecieron estrechas relaciones de amistad, clientela y hasta de matrimonio. Vemos que este sector social representó la fuente principal de riqueza en el virreinato peruano, mientras que necesitó a la metrópoli para perpetuar la correlación social de fuerzas dentro de la sociedad peruana y conservar su estatus y poder. Este dato ayudará posteriormente a entender por qué el virreinato peruano y sobre todo Lima fue el último bastión realista latinoamericano, sobre todo si tomamos en cuenta las donaciones realizadas por dicha elite al Estado, donaciones destinadas a la defensa del virreinato de los peligros internos que se habían desarrollado a lo largo de todo el siglo XVIII, y luego a los que produjeron en el XIX en el contexto de la independencia de la metrópoli.
La elite provinciana se concentró en Cuzco, Arequipa y Trujillo en menor medida. Su poder era menor al de la elite limeña y también el poder de los cargos que detentaban, así como su participación en el comercio virreinal. Esta elite mostró a fines del XVIII, desde la rebelión de Túpac Amaru II, además de un rechazo a las reformas borbónicas, un malestar por la concentración de poder de la elite limeña, en parte como intermediaria de la administración de la corona pero también como un rival en el aspecto comercial. Esta especie de resentimiento ante la administración limeña avivó en los primeros años del XIX una serie de sentimientos separatistas y autónomos, dirigidos no hacia la corona, sino hacia Lima. Esta elite provinciana actuaría de manera diferente a la limeña en los acontecimientos independentistas, brindando un mayor apoyo a las tropas extranjeras y avivando el debate descentralista en los primeros años de la república.
Un sector de poder emergente fue el de los sectores medios de la sierra central andina, que a lo largo del siglo XVIII habían desarrollado todo un sistema comercial y de producción articulado a la minería de Cerro de Pasco y Huarochirí. Este sector emergente de orígenes modestos vio rápidamente limitado su crecimiento debido a la intervención monopólica de los criollos y peninsulares locales. Estos grupos intermedios, al ver socavados sus beneficios económicos, optaron por cuestionar el restrictivo sistema colonial y apostar por el libre comercio, lo cual a la larga se traduciría en un apoyo mediante montoneras a la causa independentista. Un grupo intermedio de importancia es el que se desarrolló en espacios rurales, tanto en la costa como en la sierra. Estuvo comprendido por pequeños comerciantes, curacas, arrieros, mercaderes y otros miembros de la baja nobleza india. No lograron detentar cargos de importancia ni mucho poder ni estatus, pero lo suficiente como para dominar de manera directa a un grupo de indígenas de las comunidades, sobre todo en el caso de los curacas o caciques, que sin embargo habían visto reducido su poder luego de la represión seguida a la rebelión tupacamarista. Fue un grupo muy heterogéneo y sobre todo independiente en su movilidad geográfica, debido a sus labores de control y comercio, lo cual fue un factor fundamental en las conspiraciones y rebeliones organizadas a lo largo del XVIII y en el apoyo a los ejércitos independentistas.
Los grupos sociales urbanos más bajos fueron comprendidos por pequeños comerciantes y burócratas de bajo rango, dentro de los cuales podíamos encontrar no sólo criollos, sino mestizos, indios y hasta mulatos y negros libres. En zonas rurales costeñas, la fuerza de trabajo estuvo principalmente basada en la esclavitud negra, mientras que en zonas rurales serranas era mayoritariamente población india ligada al trabajo en las haciendas mediante la mita o debido al pago de deudas y tributos que contraían a causa de las diversas cargas impuestas.
La organización política del virreinato peruano a puertas de las guerras de independencia no era la misma de inicios del siglo XVIII, como consecuencia de la reforma administrativa borbónica y la rebelión de Túpac Amaru II. El sistema de intendencias establecido en el Perú en 1784 buscó ejercer el control administrativo y social dentro de sus jurisdicciones, dejando de lado a los corregidores y enfrentándose en muchos casos a las audiencias y a las cortes eclesiásticas. La labor observadora de los intendentes afectó el poder de las elites burocráticas locales, en su mayoría conformada por criollos.
Por otra parte, la creación de nuevos virreinatos como el de Nueva Granada en 1736 y el del Río de la Plata en 1776, sobre todo el último al eliminar al Alto Perú del territorio del virreinato peruano, limitó una de las principales fuentes de riqueza minera y limitó un articulado circuito comercial ligado a Potosí. Asimismo, el establecimiento de la Audiencia del Cuzco en 1787 jugó un papel importante en el control virreinal sobre el sur andino, que junto con la militarización de la zona permitió mantenerla relativamente pacificada hasta la primera década del siglo XIX.
