La sensación de peligro ante levantamientos de gran envergadura que había dejado la rebelión de Túpac Amaru II fue motivo suficiente para que las elites criollas hicieran todos los esfuerzos posibles para evitar que dichos levantamientos entraran en territorio peruano. Las donaciones realizadas, si bien no fueron muchas, contribuyeron a mantener unos años más al virreinato bajo el dominio español, pero sobre todo terminaron por resquebrajar la economía de las mismas elites.
Los primeros levantamientos continentales se dieron en el Alto Perú. Chuquisaca y La Paz en 1809, siendo la última defensora de Fernando VII. Rápidamente, en octubre del mismo año el ejército realista venció a los insurgentes. En Guayaquil en 1809 y en Quito en 1811 se sucedieron dos levantamientos, el primero a favor de Fernando VII y el último independentista, pero ambas rebeliones fueron derrotadas por las tropas mandadas de Lima mandadas por Abascal en 1813. Finalmente, a partir de 1810 hubo una serie de levantamientos independentistas en Nueva Granada y el Río de la Plata, sofocados siempre por las tropas mandadas por el virrey Abascal y asegurando a Lima como el bastión realista en Hispanoamérica. Se configuraba en el continente la idea que para consolidar la independencia se debía, tarde o temprano, vencer al gobierno virreinal de Lima.
El primer levantamiento en el virreinato peruano desde la rebelión de Túpac Amaru II fue el de Tacna en 1811. Relacionado a los sucesos en el Alto Perú donde las tropas bonaerenses avanzaban hacia el río Desaguadero, un grupo de criollos tacneños bajo el mando de Francisco de Zela asaltó los cuarteles de la milicia el 20 de junio. La derrota de las tropas bonaerenses ese mismo día dejó sin asidero a la rebelión que fue reprimida días después.
Luego, en Huánuco en febrero de 1812 un grupo de criollos e indígenas se levantaron en contra del régimen colonial. La inusual alianza entre indígenas y criollos se vio rápidamente deshecha por los últimos, que luego de iniciar y liderar el movimiento optaron por separarse y hasta ayudar a reprimirlo. La participación indígena yanacona y el poco número de curacas hizo posible que no aparecieran los usuales antagonismos entre grupos locales y que se configurara un objetivo común en contra del poder central. Los rebeldes tomaron la ciudad y la saquearon, además de ahuyentar a sus habitantes. En ese momento la facción criolla y mestiza del movimiento se separa e inicia acciones contrasubversivas, enfrentándose a los indios en Huamalíes. Poco después, y gracias a la existente militarización de la zona desde la rebelión de Juan Santos Atahualpa, la represión realista dio fin al levantamiento en marzo de 1813. Los dirigentes Juan José Crespo y Castillo, José Rodríguez y Norberto Haro fueron ejecutados.
Nuevamente en Tacna el 3 de octubre de 1813 y también relacionada a una incursión rioplatense en el Alto Perú en 1812 bajo el mando de Manuel Belgrano, hubo un levantamiento que tomó la ciudad. La derrota de los bonaerenses en noviembre bajo las tropas lideradas por Joaquín de la Pezuela provocó la derrota de la rebelión y la fuga de los líderes al Alto Perú.
Finalmente, el levantamiento del Cuzco en 1814 fue el más importante por su envergadura y sobre todo por involucrar la ciudad más importante del sur andino. Liderada por los hermanos Vicente y José Angulo, Gabriel Béjar, Manuel Hurtado y el clérigo José Días Feijóo, miembros de la clase media criolla y mestiza educada y letrada, se rebelaron en contra de la Audiencia del Cuzco al no acatar la Constitución liberal de 1812 y por implantar un régimen absolutista que limitaba sus derechos. Rápidamente los indígenas se plegaron al movimiento al ser convocados por Mateo Pumacahua y se dieron manifestaciones de nacionalismo indio, a la vez que los líderes explotaban los códigos andinos milenaristas, pues declararon su intención de crear un imperio independiente al de Lima con base en el Cuzco.
Al igual que durante la rebelión de Túpac Amaru II, la radicalización del movimiento por parte de los indígenas y las violentas acciones contra todos los explotadores dentro de los cuales se encontraban mestizos y criollos, provocó que la dirigencia se separara del movimiento lo cual causó su colapso aún antes de la llegada de las tropas enviadas desde Lima. Finalmente el movimiento fue reprimido el 11 de marzo de 1815 en Umachiri y sus líderes ejecutados, incluyendo los hermanos Angulo, el cacique Mateo Pumacahua, antiguo aliado colonial durante la rebelión tupacamarista y el conocido poeta arequipeño Mariano Melgar. La envergadura y articulación multiétnica que llegó a tener este movimiento en su apogeo ha permitido afirmar a ciertos investigadores que si el apoyo de los criollos hubiese continuado, lo más probable es que la rebelión del Cuzco hubiera logrado una victoria en contra del poder central, consiguiendo así la caída del régimen virreinal limeño y por consecuencia la independencia de España. El historiador Jorge Basadre menciona que esta rebelión habría desembocado en una república con una base multiétnica de espectro mucho más popular que la que realmente se dio concebida por las clases propietarias e intelectuales de base criolla después de 1821.
