La Junta Central de Sevilla o las Cortes de Cádiz, formadas para gobernar en ausencia del rey legítimo, no pudieron llenar el vacío político existente en la metrópoli. Por ejemplo, el Alto Perú y Quito formaron sus propias Juntas autónomas para proteger la figura de Fernando VII, mientras que Perú se adhirió a la Junta Central.
Se convocó a Juntas de gobierno en toda Hispanoamérica, menos en el Perú debido a la negativa de Abascal, y se eligieron representantes, elecciones en las que el virreinato peruano sí participó. En las primeras elecciones de su historia, las ciudades de Lima, Guayaquil, Cuzco, Trujillo, Piura, Huamanga, Arequipa, Tarma y Huánuco eligieron a los electores que a su vez elegirían a los diputados representantes de las Cortes. Las elecciones fueron un proceso netamente urbano y, evidentemente, sólo una reducida parte de la población participó. Si bien se incluyó a la población indígena en el momento de exigir un mayor número de representantes en proporción a la población total del virreinato, ésta no participó en las elecciones.
En España, la presión de los diputados americanos hizo que se decretara la igualdad de derechos entre americanos y peninsulares y la igualdad de derechos para ocupar cargos públicos. Finalmente, se promulgó en 1812, una constitución de corte liberal que además de lo anterior incluía la libertad de imprenta, la abolición de la mita y la prohibición de maltrato a los indios. Pocas de estas medidas fueron bien recibidas por el virrey Abascal, lo que sólo contribuyó a incrementar el descontento de los criollos, que veían en la constitución la igualdad para ocupar cargos públicos y la recuperación de sus beneficios.
Es en este contexto que un grupo de intelectuales liberales aviva el debate sobre la sujeción de Hispanoamérica ante España. La expulsión de los jesuitas de las colonias españolas permitió el ingreso de nuevos enfoques de conocimiento. El liberalismo se discutía clandestinamente en la Facultad de Humanidades de la Universidad de San Marcos, precisamente en el Real Convictorio de San Carlos. La Ilustración circulaba a través de las páginas de Locke, Descartes y Voltaire. Estos intelectuales, dentro de los cuales se encuentra José Baquíjano y Carrillo, Hipólito Unanue, Manuel Lorenzo de Vidaurre, José Faustino Sánchez Carrión entre otros, si bien produjeron una serie de planteamientos novedosos para la época, fueron en su mayoría reformistas y constitucionalistas, buscaban una mayor igualdad entre las partes dominantes y dominadas (española y peruana, se entiende) y la recuperación de los beneficios y derechos de los criollos, grupo al cual pertenecían. Pocos de estos llamados precursores de la independencia realmente promovieron una causa separatista definitiva de la metrópoli, ninguno abogó por un real cambio de la estructura jerárquica de poder y menos aun podrían ser considerados revolucionarios.
En 1814, luego de la expulsión de los franceses de territorio español, Fernando VII retornó al poder en España y dio inicio a una reacción conservadora y absolutista que enterró la Constitución liberal y por consecuente el trabajo de la Corte de Cádiz y de las Juntas de Gobierno. Así, los anhelos de igualdad y autonomía deseados por la mayoría de los virreinatos americanos se truncaron. A partir de ese momento los procesos independentistas se iniciaron al menos en cuanto a programas y conspiraciones, sobre todo en el virreinato del Río de la Plata y en el de Nueva Granada. Si bien Lima recibió con alivio la noticia de la restauración imperial y permaneció alerta a los movimientos del continente, el interior del Perú hizo sentir su descontento y desafió al poder limeño.
