Una vez con el Perú pacificado y completamente independiente, Bolívar emitió una nueva constitución en 1826, llamada bolivariana o vitalicia. En ella se intentó equilibrar las libertades individuales de los ciudadanos con la fuerza de la autoridad, a la vez que concentraba todo el poder en la figura del libertador.
El proyecto bolivariano comprendía formar una nación sudamericana, en ese sentido la convocatoria al congreso de Panamá el 7 de diciembre de 1824 fue el primer paso. Fueron los representantes de Colombia, México, Guatemala y Perú, también los de Estados Unidos e Inglaterra. El congreso, que sesionó un mes, no llegó a mayores acuerdos y fue un fracaso político. Las rencillas regionales avivaron viejas diferencias y la fraternidad expuesta durante las guerras de independencia se esfumó. El fracaso del congreso de Panamá fue el inicio del fin del proyecto bolivariano de unir a parte de Sudamérica en la Confederación de los Andes.
Finalmente, Simón Bolívar regresó a la Gran Colombia, la cual se separó mientras él aún vivía. Su proyecto unificador no pasó de las palabras. Cada nueva nación debía elegir su propio destino.