En julio de 1822 se produjo el encuentro entre los dos generales en Guayaquil, el cual duró cuatro días y en él parece haberse llegado a ningún acuerdo específico sobre las acciones que se debían seguir para conseguir la completa independencia del Perú.
No hay testimonio escrito de lo sucedido en Guayaquil, pero al parecer Bolívar ofreció un tenue apoyo militar a San Martín, quien regresó a Lima para encontrarse con que el Congreso recientemente instaurado había desterrado a Bernardo de Monteagudo, su asesor más importante. José de San Martín, enfermo y derrotado, decidió renunciar al protectorado y dejar Lima el 21 de setiembre de 1822 con rumbo a Valparaíso.
El caos posterior durante la presidencia de Torre Tagle y de Riva Agüero provocó que el Congreso extendiera la invitación a Simón Bolívar para que ingresara con sus tropas en territorio peruano. Reconociendo en esta invitación la mejor oportunidad para gobernar de manera absoluta y sin competidores, Bolívar se dirigió hacia el Callao.
