Las medidas del ministro sanmartiniano y mano derecha del libertador, el bonaerense Bernardo de Monteagudo, estuvieron destinadas a reprimir las manifestaciones fidelistas en las elites criollas y españolas. Monteagudo se enfrascó en una lucha de odio contra la elite limeña y buscó socavar tanto sus fuentes de poder como su libertad de acción. La elite, que se vio fuera de los cargos públicos, debió sufrir además la requisa de muchos de sus bienes que pasaron a manos de los militares.
En ese contexto, y mientras las fuerzas libertadoras del norte consolidaban la independencia en el antiguo virreinato de Nueva Granada, es que se convocó el Congreso Constituyente que debía decidir el tipo de régimen político. Las tendencias republicanas eran las mayoritarias, así como las proespañolas dentro de ese régimen. El 29 de setiembre, ya sin San Martín ni con Bernardo de Monteagudo en Lima y luego de las conversaciones que el primero tuvo con Simón Bolívar en Guayaquil, se instaló el Congreso bajo la presidencia de Francisco Xavier de Luna Pizarro. La gran mayoría de los diputados había pasado por el Real Convictorio de San Carlos y eran liberales republicanos, influenciados por la inspiración de Toribio Rodríguez de Mendoza. A su regreso, San Martín renunciaría ante el mismo congreso el 21 de setiembre de 1822 y se retiraría del Perú.
El 12 de noviembre de 1823 se promulgó la primera constitución, republicana y liberal, mientras se organizaba una ofensiva contra el ejército realista. Se declaró también una junta de gobierno liderada por el general José de la Mar, ex realista.
Las acciones emprendidas por el Congreso contra las fuerzas realistas fracasaron, en las llamadas campañas a los puertos intermedios. Se intentó dividir a las tropas realistas con un ataque simultáneo de tropas peruanas y bonaerenses en el Alto Perú, sin éxito. En octubre de 1822, tropas lideradas por Rudecindo Alvarado salieron a hacerle frente a La Serna, quien no tuvo problemas en derrotarlos. Inclusive con las victorias parciales de Miller, para inicios de 1823 la ofensiva había fracasado y concluido. Esta nueva crisis provocó el primer golpe de estado de la historia republicana. El 26 de febrero los generales del ejército, grupo que había adquirido grandes cantidades de poder y fueros, obligaron al Congreso a designar como nuevo presidente del Perú a José de la Riva Agüero.
La siguiente campaña a los puertos intermedios partió en mayo de 1823, bajo el mando del general Santa Cruz. Ocuparon Arica, Tacna, Moquegua y posteriormente Oruro. Sin embargo, militarmente esta campaña fue nuevamente un fracaso, pues los territorios recuperados eran marginales a la situación bélica y no se dio ninguna victoria de envergadura frente al ejército realista. En cambio, ante la nula defensa de Lima, las tropas realistas tomaron la ciudad el 18 de junio en una acción militarmente intrascendente, pero lograron desencadenar un reacomodo social a la nueva situación que devino en una crisis política. Parte del Congreso se pasó al bando realista al igual que la elite criolla que no había tenido participación directa en la firma del acta de independencia, mientras que unas diez mil personas dejaban la ciudad temerosas a las represalias del bando realista. Riva Agüero fue destituido por el Congreso que se había trasladado al Callao ante las negociaciones que éste hiciera con el Virrey. Sin embargo, Riva Agüero se negó a dejar el poder y se trasladó a Trujillo con diez miembros del dividido Congreso, donde siguió sus negociaciones con el Virrey. El Congreso entonces nombró a Torre Tagle nuevo presidente y traidor a Riva Agüero, a la vez que extendía una invitación a Simón Bolívar para que sus tropas ingresaran a territorio peruano y dieran resolución a la crisis galopante. El 1 de setiembre, cuando Bolívar llegó al Callao, el Perú tenía dos presidentes, un virrey y estaba virtualmente en bancarrota.
