Las guerras entre los conquistadores
La primera acción de la Corona española para administrar el territorio conquistado fue dividir el territorio en dos líneas paralelas, formando la gobernación de Nueva Castilla (del grado 1º de latitud hasta el 14º, cerca de Pisco) y la de Nueva Toledo (del 14º al 25º, en Taltal, Chile), asignando la primera a Francisco Pizarro y la segunda a Diego de Almagro. Esta división, aparentemente arbitraria desde el punto de vista de la cartografía, trajo una serie de problemas principalmente para el nuevo gobernador de Nueva Toledo y su hueste, pues sus territorios asignados no eran por demás atractivos comparándolos a los asignados a su reciente compañero de conquista.
Pugnas entre los Pizarro y Almagro
Diego de Almagro ya había sido nombrado Teniente de Gobernador del Cuzco, y precisamente se dirigía hacia ese lugar para tomar posesión de su cargo, cuando Carlos V dividió el territorio en las gobernaciones de Nueva Castilla y Nueva Toledo en 1534. Según este nuevo ordenamiento, el territorio de Almagro comprendía toda la zona meridional del Perú y la aun inexplorada zona de Chile, de la que decían guardaba muchas riquezas. Quizá fue esa la razón para que el manchego no se levantase en armas inmediatamente ante el despojo de su cargo en la ciudad principal de los Incas, y acto seguido partió hacia el sur con su hueste en 1535. La exploración de los territorios de Nueva Toledo duró dos años y fue un completo fracaso, pues Almagro comprobó que allí no había riqueza metálica, que los indios araucanos eran sumamente rebeldes y violentos, y que la tierra era estéril. Esto provocó el malestar de Almagro y de su tropa que ya empezaba a amotinarse contra su líder, por lo cual se decidió tomar una acción que iniciaría el primer conflicto formal entre los españoles desde su llegada al Perú: tomar la ciudad del Cuzco.
Almagro llegó de improviso a dicha ciudad y tomó prisioneros a Hernando y Gonzalo Pizarro, hermanos del conquistador, y luego consolidó su captura venciendo a Alonso de Alvarado y las huestes pizarristas que iban en socorro de los capturados el 12 de julio de 1537, en la llamada batalla de Abancay. Esta acción de Almagro no sólo significó un desacato al poder de la Corona, sino una ofensa directa al conquistador extremeño, cuya reacción fue por demás mesurada al convocar conversaciones, en octubre de 1537. Al ver que las negociaciones no serían fructíferas, decidieron las partes encargar la solución a un árbitro, el provincial de los mercedarios fray Francisco de Bobadilla. Mientras tanto, Almagro se trasladaba con su tropa y rehenes hasta Chincha fundando la villa de Almagro, lo cual se puede considerar otro acto de provocación dentro de la delicada situación, por lo cual el mercedario resolvió con celeridad y en noviembre de 1537 decidió que la ciudad del Cuzco pertenecía a la gobernación de Nueva Castilla y por ende a los pizarristas.
Este veredicto no dejó satisfecho a los almagristas, quienes regresaron a la sierra para acantonarse y defender la ciudad en pugna, tras cometer el error de dejar en libertad a Hernando Pizarro tras una espuria promesa de paz. Fue el mismo hermano del conquistador extremeño el que organizó las huestes comandadas por Pedro de Valdivia que se dirigieron al campo de las Salinas en Cuzco, donde se habían postrado los almagristas dirigidos por el teniente general Rodrigo Orgóñez. La batalla de las Salinas, el 6 de abril de 1538, se libró entre 1000 pizarristas y 700 almagristas, siendo estos últimos derrotados. Diego de Almagro fue capturado en su escondite de la fortaleza incaica de Sacsahuaman y se le abrió proceso por rebelión y desacato, tras lo cual y sin haberse dado sentencia, fue estrangulado en su propia celda el 8 de julio de 1538 por orden de Hernando Pizarro tras haberse corrido el rumor que un grupo de almagristas preparaban la liberación de su líder. Por estas acciones, Hernando Pizarro fue apresado en España a su retorno por orden del Consejo de Indias y sentenciado a 18 años de prisión en Medina del Campo, desde donde administró el patrimonio familiar.
Los almagristas buscaron venganza y se organizaron en Lima tras las figuras de Juan de Rada y de Diego de Almagro el Mozo (hijo del conquistador), y el 26 de junio de 1541 fueron tras el mismo Francisco Pizarro con la intención de asesinarlo en su domicilio, lo que consiguieron tras una cerrada defensa del otrora conquistador del Perú. Ante la ausencia de autoridad el mismo Almagro el Mozo asumió el cargo de gobernador del Perú, a sabiendas que la Corona había enviado a un juez visitador, el licenciado Cristóbal Vaca de Castro, con el objetivo de poner orden y justicia a los turbulentos territorios conquistados.
Insurrección de Almagro el Mozo y obra de Vaca de Castro
La proclamación de Diego de Almagro el Mozo como gobernador del Perú no contó con mucho apoyo ni siquiera para organizar un buen ejército que le hiciera frente a Vaca de Castro. La falta de apoyo inclusive de los vecinos de la ciudad de Lima lo obligó a salir de la misma y refugiarse en la sierra. Para entonces, la Corona consideraba a Almagro el Mozo un traidor y un tirano, pues se había adjudicado un poder que no le correspondía, y no contaba con título ni autorización del monarca para impartir justicia.
Cristóbal Vaca de Castro fue enviado por la Corona española con el objetivo de fiscalizar en un inicio a Francisco Pizarro, debido a las constantes denuncias de desórdenes y explotación que los conquistadores llevaban a cabo con los indígenas. También se le dio la orden que si Pizarro moría, él mismo debía ocupar el cargo de Gobernador del Perú, administrando la recolección del tributo y los límites entre las dos gobernaciones. Al llegar a tierras americanas, se enteró de la sublevación de Almagro el Mozo y procedió a entablar alianzas con los vecinos más notables y que acataran su autoridad. En realidad, considerando que las acciones tomadas por Diego de Almagro eran una afrenta directa a la Corona y al derecho de la época, no le fue difícil al licenciado hacerse de un ejército conformado por los personajes más hábiles y poderosos que habitaban el Perú.
Mientras tanto, Almagro el Mozo se había dirigido a Huamanga para recomponer sus fuerzas y luego al Cuzco, donde se acantonó. Vaca de Castro fue a Yungay con las tropas de Alonso de Alvarado y de Perálvarez Holguín, y se empezó a dirigir paulatinamente hacia la sierra sur, para encontrarse cerca de Huamanga con las tropas de Almagro el Mozo que había dejado su reducto del Cuzco. La batalla del campo de Chupas entre Vaca de Castro y Almagro el Mozo se dio el 16 de setiembre de 1542, resultando vencedor el licenciado enviado por la Corona gracias a la habilidad de Francisco de Carbajal el "demonio de los Andes".
Almagro el Mozo huyó hacia el Cuzco, pero fue capturado en el camino y recluido en la casa de Hernando Pizarro. Desde allí se le acusó de intentar entablar una alianza descabellada con el líder rebelde Manco Inca y de tratar de sobornar a sus carceleros, lo que empeoró su situación. Finalmente fue sentenciado a muerte y degollado en dicha ciudad.
Vaca de Castro, flamante gobernador del Perú, dejó atrás los trabajos de pacificación y orden y se dedicó a realizar labores de desarrollo, como el mejoramiento de las vías de comunicación, reglamentar el abastecimiento de los tambos y fiscalizar el trabajo en las minas.
Consecuencias de la muerte de los conquistadores
Luego de una década de iniciada la conquista del Tahuantinsuyo, todos los líderes de la conquista han sido asesinados, ejecutados o apresados. Si bien en principio esta situación podría parecer en extremo beneficiosa para los intereses de la Corona española de controlar políticamente los territorios descubiertos, por el contrario devela más de un problema para la misma.
La falta de funcionarios leales a España ha sido uno de los primeros problemas que ha sido atendido por Carlos V, al tomar en cuenta que los conquistadores y los migrantes no necesariamente han sido movidos por intereses tan abstractos como la lealtad a la realeza o el interés de evangelizar a poblaciones no cristianas, ambos argumentos siempre repetidos por los españoles. El envío de personajes como el licenciado Vaca de Castro y luego los primeros virreyes se destinó a subsanar ese problema, que a la postre le causaría más de un dolor de cabeza a la Corona debido a los inconvenientes con los encomenderos.
La violenta situación que siguieron los años de la conquista estuvo marcada tanto por el inicio del levantamiento de Manco Inca en 1536 como por las pugnas dentro de las huestes españolas. Es muy significativo darse cuenta lo frágil que resultaba esa situación en que entre 1535 y 1537 el Cuzco fue hostigado dos veces, una por un líder indígena y la otra por uno de los líderes de la conquista. Aun así la situación colonial no feneció y siguió su curso en otros ámbitos como la administración de territorio, la desestructuración del mundo andino, la encomienda o los cambios en la economía. Esta violenta situación escapó de las manos de los mismos españoles quienes decidieron impartir justicia a diestra y siniestra, haciendo de jueces y verdugos, o usurpando poder y funciones. El fin de los conquistadores marca el fin de las pugnas por el poder a nivel de Estado, pero no por las pequeñas dotes de poder económico que muchos españoles se sentían merecedores, y que defenderían hasta con sus vidas. A la Corona las cosas no le serían más fáciles las décadas venideras, y le resultaría muy trabajoso establecer un poder virreinal en el antiguo territorio del Tahuantinsuyo debido justo a ese sector de encomenderos que, más bien que mal, permitieron gracias a la cuota de poder y orden que administraban que la empresa de la colonización no se desintegrara.