Una vez terminado el proceso inicial de conquista y reparto de botines de guerra, y aún con el proceso de colonización en ciernes y gran parte del territorio por explorar y descubrir, se dieron una serie de acontecimientos que terminarían en guerras intestinas entre los mismos conquistadores en un primer momento, y entre los encomenderos y la Corona española en un segundo caso.

Las guerras civiles, como se le ha llamado a este conjunto de batallas dirigidas por españoles y en las cuales los indígenas no estuvieron aparte, ya sea para engrosar las filas de los bandos hispanos, o para ponerse del lado de la Corona española más delante, demostraron que el principal motor de los conquistadores era la obtención de riqueza, que sus alianzas iniciales fueron fácilmente traicionadas y que la Corona tuvo muchos problemas para establecer su autoridad en los territorios recién conquistados, problemas que se extenderán varias décadas y que se resolverán gracias tanto al genio militar de los enviados como a la capacidad de los mismos para establecer pactos y alianzas.

A lo largo de este punto veremos cómo la Corona, en su afán por hacerse del poder político y económico del virreinato, tendrá que ceder muchos beneficios inmediatos, sobre todo al otorgar indultos y encomiendas a diestra y siniestra para ganar adeptos a las causas realistas. Esto demuestra la importancia que tuvo la encomienda a mediados del siglo XVI, momento en le cual aun habían miles de españoles dispuestos a dar hasta sus vidas por el servicio personal de los indios.

Finalmente, aun cuando las victorias militares favorezcan a la Corona española, quedó en evidencia el débil papel del Estado colonial ya sea en el rol del Virrey o de la Audiencia, por más que figuras como la de Pedro de la Gasca hayan sido determinantes en el desarrollo de una futura administración virreinal. La Corona a su vez se preocupo de quitar paulatinamente los beneficios de la encomienda, a la vez que protegía mediante regulaciones a los indígenas, de acorde a la influyente prédica de Bartolomé de las Casas y también a las constantes preocupaciones por las denuncias de maltratos y despoblamiento que la real fuente de riqueza, los indígenas, sufrían en las primeras décadas de la colonia.

El debate de la encomienda no se resolverá más adelante por una ley proveniente de la metrópoli, sino por el desgaste interno de los mismos aristócratas peruleros ante nuevas formas de riqueza que ya se desarrollaban a partir de la década de 1550, bajo la figura del comercio.