La resistencia de Vilcabamba
Se llama "La resistencia de Vilcabamba" a la presencia de una parte de la elite incaica en esta región del Cuzco que se afincó buscando restablecer la organización incaica. Duró aproximadamente unos 40 años, desde la llegada de los españoles al Perú en 1532 hasta los primeros años de gobierno del virrey Toledo. Esta resistencia guarda relación con la desestruturación del mundo andino y la consolidación del virreinato en territorio peruano. También se debe entender que esta rebelión fue la respuesta de las elites incaicas por recomponer y alcanzar de nuevo su poder valiéndose para ello, no solo de violentos enfrentamientos con los peninsulares, sino que también se valieron de la negociación, el establecimiento de alianzas o la resistencia pacífica, adecuándose al nuevo orden, que tras la conquista española, les tocaba ocupar.
Manco Inca.- de aliado a rebelde
Manco Inca, del Inca Huayna Capac y Mama Runtu, fue quien recibió a Francisco Pizarro cuando arribó al Cuzco en 1533. Al parecer Manco Inca conversó con la hueste española y tras intercambiar algunas palabras convino en acompañarlos en el ingreso al Cuzco. Esta acción se entiende primero, por la necesidad que tenía Manco Inca de tener el control del Cuzco y restablecer el orden quebrantado por la guerra entre Huascar y Atahualpa, así como eliminar a la fuerza quiteña y por otro lado porque el inca no sospechaba de las verdaderas intenciones políticas de Pizarro.
Manco Inca logró en primera instancia contar con el respaldo de los peninsulares. Apenas ingreso al Cuzco se colocó la Mascapaicha, y con la presencia de la elite incaica y curacas importantes se convirtió en Inca. Sin embargo rápidamente se desilusionaría de sus aliados, pues el nuevo inca paso ser tratado como una figura decorativa que ya no servía para los intereses peninsulares. Trató de salir dos veces del Cuzco y fue apresado, siendo inclusive encadenado por incumplir su promesa de alianza. Hacia 1535 Manco Inca tomó acciones para la reconquista del Cuzco.
Tras engañar a sus apresores (diciendo que iba a traer las estatuas de los gobernantes cuzqueños), Manco Inca logró salir del Cuzco y organizar el ataque a la ciudad imperial. El Huillac Umu, el miembro más importante del sector religioso del Tahuantinsuyo, estuvo al lado del inca en esta difícil empresa. Los curacas de las poblaciones aledañas y del valle sagrado acudieron al llamado y Manco Inca logró formar un ejercito numeroso de aproximadamente 10,000 hombres. Aprovechando la ausencia de Diego de Almagro (que fue junto al Huillac Umu y Paullu, hermano de Manco Inca a Chile) Manco Inca sitió el Cuzco durante nueve meses, asediando constantemente a las fuerzas españolas acantonadas en la ciudad sagrada. Sacsayhuaman fue escenario importante en las batallas del Cuzco y precisamente en uno de estos enfrentamientos murió Juan Pizarro, hermano del conquistador.
Manco Inca trató de impedir que desde Lima Francisco Pizarro enviara refuerzos al Cuzco. Para ello coordino un ataque a Lima y le encargó la misión a Quizo Yupanqui, quien hacia septiembre de 1536 se encontraba en Lunahuaná, a tan solo 150 kms de la ciudad de los Reyes. En Ate y Huarco se libraron batallas entre incas y españoles, llegando los primeros a instalarse en los cerros aledaños a la capital. Alonso de Alvarado logró detener el avance incaico en Pachacamac y Lima. Fueron muchos los indígenas que pelearon al costado de la hueste española. Se sabe que fueron los curacas de Huailas los que colaboraron con los españoles. Sin embargo es posible explicar esta conducta si es que se tiene en cuenta los vínculos de reciprocidad establecidos entre Francisco Pizarro y los Huailas, debido a que el conquistador había tenido dos hijos con Ines Huailas, hija de Huayna Capac. Finalmente, derrotadas las tropas de Quizo Yupanqui, Manco Inca no pudo evitar que Pizarro enviara contingentes al Cuzco. Junto a ellos Diego de Almagro y su comitiva regresaron a la ciudad imperial y evitaron la caída de las tropas españolas en el Cuzco.
Los españoles no dudaron en afirmar que su suerte se la debían a la intervención divina de la Virgen María y de Santiago Apóstol, conocido en España durante las guerras de reconquista como Santiago Matamoros. Aquí se le llamó Santiago Mataindios por la cantidad de indígenas que lograron vencer ya que las tropas españolas en el Cuzco no llegaban ni a doscientos individuos.
Tras estos sucesos Manco Inca y la elite incaica se refugió en Vilcabamba, ciudad incaica a 30 leguas del Cuzco, en la vertiente oriental de los Andes.
A pesar de haber perdido el poder político, su señorío continúo solo en algunas poblaciones aledañas a Vilcabamba.
Los Incas de Vilcabamba
Manco Inca se estableció en Vilcabamba y a pesar de que los españoles conocían su paradero no fueron tras él debido a que se encontraban en guerras intestinas por el control político del territorio y posteriormente por la guerra entre los encomenderos y los representantes de la corona española. Los españoles no le dieron mucha importancia a la presencia de Manco Inca y su hueste pues sabían que su accionar era limitado y su poder de convocatoria había disminuido.
Así pasaron casi 30 años que en este reducto incaico pervivió una parte de la elite incaica. No es posible afirmar que Manco Inca quisiera establecer un nuevo estado a partir de esta ciudad ya que en primer lugar, la elite se encontraba dividida (unos estaban en Cuzco buscando legitimación y otros en Vilcabamba) y segundo, tenía la capacidad de organizar o estructurar las relaciones con los distintos curacazgos, ni siquiera en el ámbito local. Sin embargo porsiguió con su hostigamiento por los alrdedores de la zona de vilcabamba. Por esta razón Francisco Pizarro mandó fundar San Juan de la Frontera de Huamanga para frenar el ataque de Manco Inca, que por los años 1540 y 1541 acecho los pueblos cercanos. Pizarro buscó un entendimiento con el inca, pero su repentina muerte impidió establecer las buenas relaciones con el hijo de Huayna Capac.
Vilcabamba no logró volver a tener un control organizado de su hostigamiento o de su resistencia frente a los españoles. Tras la muerte de Manco Inca a manos de un grupo de almagristas a fines de 1544, sus hijos continuaron al frente del reducto de resistencia incaica pero su accionar ya no tuvo la radicalización, ni la fuerza del movimiento que encabezó su padre. Desde los primeros años en que Sayri Tupac tuvo a cargo la resistencia, buscó establecer relaciones con Pedro de la Gasca. Sin embargo el pacificador solo le ofreció unas cuantos terrenos para aquietar sus necesidad. Sayri Tupac prefirió quedarse en su reducto hasta poder lograr un mejor acuerdo. También tuvo contacto con el virrey Andrés Hurtado de Mendoza en 1550 y 1556. Sayri Tupac logró un acuerdo beneficioso en 1558 y salió de Vilcabamba con un repartimiento en el valle de Yucay. Sayri Tupac entendió que debía adecuarse a las nuevas reglas establecidas por los españoles. La elite incaica era reconocida de alguna manera y por ello recibían ventajosos beneficios.
Sayri Tupac murió en 1561 y es su hermano Titu Cusi Yupanqui quien tomó el control de la resistencia incaica. Este nuevo "inca" se declaró enemigo de los intereses españoles, organizando en un primer momento expediciones de hostilización a las poblaciones cercanas a Vilcabamba. Al mismo tiempo se contactó con el gobernador Lope García de Castro, tratando de llegar a algún acuerdo beneficioso para los rebeldes. Firmó la capitulación de Acobamba en 1566 y en dicho tratado se ponía fin a las hostilidades y se perdonaban los actos cometidos por los rebeldes. Una de las medidas del la capituluación fue el bautizó de Titu Cusi Yupanqui y su familia en 1568, hecho que no fue bien visto por los curacas más radicales. El inca murió repentinamente de una extraña enfermedad. Los misioneros agustinos que lograron entrar tras la capitulación fueron vistos como responsables de la muerte, ya que en su afán de ayudar le dieron brebajes que los andinos pensaron era veneno. El misionero Diego Ortiz fue encontrado culpable siendo torturado y ajusticiado posteriormente. Los españoles y mestizos que se encontraban en Vilcabamba también fueron ajusticiados. La elite buscó un sucesor y fue así que su hermano Tupac Amaru empuñó el cetro y se ciñó la mascapaycha a comienzos de 1571.
Muerte de Túpac Amaru I y fin de la resistencia
Cuando el virrey Francisco de Toledo asumió el virreinato una de sus primeras acciones es acabar con el reducto de Vilcabamba. Por su parte, Tupac Amaru cerró las fronteras de Vilcabamba y destruyó el puente de Chuquichaca preparando a su pequeño ejercito por si atacan la guarnición. El virrey envió un negociador diplomático justo poco tiempo después de la muerte de Titu Cusi Yupanqui. Atiliano de Anaya, el enviado del virrey, fue visto como espía y muerto a manos de los indígenas rebeldes. Ante esta respuesta el virrey Toledo le declaró la guerra al Inca de Vilcabamba en la semana santa de 1572. El capitán Martín Hurtado de Arbieto y Juan Alvarez Maldonado estuvieron al frente de la expedición, pero fue el capitán García de Loyola quien lo capturó junto a otros miembros de la elite incaica, no sin antes entablar una feroz lucha con los naturales.
Una vez capturado el inca fue enviado al Cuzco, donde ingresó en calidad de preso, pero en medio de una algarabía general en la que incluso participó el mismo virrey.
Sin perder tiempo se le abrió un juicio por la muerte de los sacerdotes agustinos y el el negopciador Anaya, y el escribano Martín de pando. Tupac Amaru I fue condenado a la pena capital junto con otros 5 miembros de la resistencia quechua. Autoridades, miembros del clero y de las ordenes religiosas y los principales vecinos del Cuzco exhortaron al virrey para que se retracte y no ajusticie al inca. El virrey irresoluto no cambió de parecer y ordenó la muerte definitiva del inca. El 22 de junio de 1572 Tupac Amaru fue decapitado en medio del clamor de casi toda la población cuzqueña. Las pompas fúnebres fueron sentidas, inclusive a la misa de honras acudió en riguroso luto el virrey Toledo. Los indígenas y miembros de la élite cuzqueña también se mocharon ante el cuerpo del inca muerto, arrancándose cejas y pestañas siguiendo la usanza andina.
Al inca se le enterró en la catedral del Cuzco pero al ver las autoridades que esto podría causar inconvenientes (pues el cuerpo o momia del inca era considerado Huaca) se retiró silenciosamente su cuerpo y enterrado en otro lugar no conocido.
Se cree que de la muerte de Tupac Amaru nació el mito de Inkarri, que establecía que a partir de la cabeza enterrada del inca crecería nuevamente el cuerpo del inca que restauraría el imperio y le daría a las cosas su ordenamiento natural anterior a la llegada de los españoles.