El saldo de la gran rebelión fue el más impactante de la historia colonial de levantamientos, más de cien mil muertos de una población de 1.2 millones de personas, lo cual provocó de inmediato un colapso demográfico en el sur andino. Hay que dejar en claro que gran parte de las bajas no se produjeron durante las batallas, sino en la rebelión española posterior que duró varios años.

Las medidas de la Corona para evitar que una rebelión de la envergadura de la de Túpac Amaru se repitiera fueron inmediatas. El ministro de Indias, José de Gálvez, organizó una gran represión en contra de cualquier aliado de la rebelión, además de los parientes de los dirigentes, inclusive se aplicó el quintado que consistió en ejecutar a cada quinto hombre en las aldeas donde se apoyó a Túpac Amaru II. Las penas contra los criollos fueron más leves, en un afán por reconciliar a la corona con dicho grupo que ya estaba enemistado desde las reformas borbónicas.

Una serie de medidas fueron implementadas para erradicar lo que se había percibido como un nacionalismo inca. En 1787 se abolió el cargo hereditario de curaca y se prohibió el uso de la vestimenta real incaica, la exhibición de toda pintura o iconografía de los Incas, el uso de símbolos precoloniales e inclusive la lectura de las obras de Garcilaso de la Vega.

Otras medidas fueron destinadas en mejorar la administración colonial y apaciguar los ánimos de las poblaciones del sur andino. En 1787 también se estableció una audiencia en el Cuzco que sería mucho más receptiva a las demandas locales. Luego, en 1784 se abolió el reparto de mercaderías y los corregimientos fueron reorganizados en intendencias, quedando así el cargo de corregidor eliminado. Asimismo, la Corona desplegó tropas regulares en diversas provincias andinas, asumiendo un papel de control social interno.

A largo plazo, estas acciones perjudicaron principalmente a la elite indígena, al ser despojada de sus fueron y privilegios. El sector que lograba comunicarse de mejor manera con los mestizos y criollos y defender los intereses de los indígenas fue desapareciendo paulatinamente no sin ofrecer resistencia en interminables litigios que no pudieron detener la debacle de los curacas. Así, con el pasar de los años todos los pobladores andinos pasaron a ser indios sin distinción, aumentando el sentimiento de desprecio y humillaciones a medida que sus derechos eran socavados cada vez más, mientras los criollos percibieron el peligro que significaba movilizar a contingentes indígenas para realizar sus propios pedidos y reclamos. La incapacidad de los líderes multiétnicos del movimiento para establecer una alianza criollo-india y las mismas divisiones dentro de la población indígena fueron el germen del fracaso rebelde.

El importante papel de intermediarios coloniales que ejercían los curacas, truncado a fines del siglo XVIII y el sentimiento de amenaza de los criollos y españoles ante las masas indias tuvo consecuencias hasta después de la independencia del Perú, y ayudó a configurar de manera negativa la concepción que la nueva república peruana tendría de los indios, dejándolos fuera constantemente de sus planes políticos.

Si bien la imagen de Túpac Amaru II fue revitalizada desde el indigenismo en los años veinte y luego con fines políticos en la década de 1970, últimos estudios que combinan diversas metodologías y disciplinas académicas han dado nuevas luces no sólo sobre el levantamiento de José Gabriel Condorcanqui, sino sobre todos los movimientos sociales del siglo XVIII. Actualmente, y luego de la idealización sufrida por el cacique de Surimana que inclusive llegó al cine peruano, se puede afirmar que si bien la rebelión tuvo una gran envergadura y sus consecuencias fueron las más importantes de todos los levantamientos del penúltimo siglo colonial, lejos está Túpac Amaru II de ser un luchador social por su pueblo y precursor de la independencia bajo una conciencia nacionalista.