El discurso rebelde fue muy diverso y sus reivindicaciones contradictorias. Al tratar de aglutinar diversos sectores sociales como criollos y mestizos terratenientes, hacendados y comerciantes, con indígenas tributarios y mitayos, terminó olvidando pedidos básicos y evidentes a favor de los indígenas, como lo fue el tributo, la tenencia de la tierra y las formas de prestación laboral. En cambio, su programa reivindicatorio destinado a las elites era bastante completo, tomando en cuenta que la mayoría de esos pedidos le favorecían, como los relacionados a la alcabala, aduanas, cargos públicos y la supresión de la mita y los repartos.

Esta actitud dubitativa del líder del movimiento provocó que no muchos curacas no se plegaran al movimiento, en parte al no compartir los intereses del grupo económico que representaba José Gabriel Condorcanqui y por una serie de alianzas coloniales que ya mencionamos al ver la rebelión de Juan Santos Atahualpa. Posteriormente, el triunfo inicial en Sangarará llevó a la exacerbación de las masas del movimiento, atentando en muchas ocasiones contra los intereses de los criollos o de las elites mestizas e indígenas, dejando de lado a una serie de potenciales aliados. La violencia de la rebelión en muchas ocasiones no diferenció a los aliados, sino siguió un patrón étnico, ya que los blancos en su mayoría eran los que representaban el poder colonial. Dentro de las ideas de los líderes de la rebelión estaba romper vínculos con España, mas no realizar cambios estructurales en la jerarquía social colonial, elemento que se repitió en las guerras de independencia locales.

Túpac Amaru organizó su rebelión de acuerdo a las tradiciones andinas coloniales. En ese sentido, el sistema de parentesco jugó un papel vital en la organización de la rebelión, ocupando los familiares de los líderes los puestos más importantes. Además de sus parientes, José Gabriel logró establecer alianzas con curacas, hacendados, escribanos, comerciantes, artesanos, obrajeros, arrieros y algunos curas, además de una serie de criollos limeños que nunca fueron delatados por el líder del movimiento.

La jerarquía interna de la rebelión también respondió a los patrones coloniales, pues los cargos más altos tanto militares como estratégicos fueron ocupados por mestizos, curacas o criollos. En muy pocas ocasiones indios del común tuvieron bajo su cargo a tropas, y en ningún caso los negros.