La situación del virreinato para la sétima y octava década del siglo XVIII se fue tornando difícil para muchos sectores de la sociedad. Los criollos, ya sean terratenientes, propietarios mineros, hacendados o funcionarios, vieron un cambio en las reglas del juego que les afectaba tanto en sus ganancias como en sus privilegios de asumir cargos y ser los principales gestores de la economía colonial. El aprovechamiento que la Corona llevó a cabo con las reformas borbónicas dejó a las elites coloniales en pugna por los excedentes y la mano de obra restante, la cual debían compartir con el clero.

Para la población indígena, sumado a la mita y el tributo, ahora debía lidiar con los repartos de mercancías impuestos desde la década de 1670, pero que se tornaron insoportables en el siglo XVIII ya que la decadencia del comercio trasatlántico llevó a que los comerciantes limeños colocaran sus productos en el mercado interno de manera compulsiva. Esto provocó que la cantidad de horas-hombre empleadas por los indígenas en pagar las deudas de los repartos se triplicaran entre 1754 y 1780. Además la Corona estableció ajustes para incrementar el tributo de la población indígena y la mita minera, siendo el primero incrementado 16 veces entre 1750 y 1820. Para lo segundo, se realizó un nuevo censo en el cual los mestizos, el sector de población que crecía con mayor rapidez, entregaran pruebas de su condición étnica, con lo cual se abría la posibilidad que una gran cantidad de mestizos indocumentados pasaran a trabajar en las minas.

La zona del sur andino y el altiplano boliviano tuvieron un gran intercambio comercial que basaba su centro en la mina de Potosí. La influencia de la mina afectaba comercialmente a puntos tan distantes como el Cuzco o Buenos Aires, y durante el siglo XVII y hasta mediados del XVIII, los arrieros, obrajeros y otros comerciantes habían acumulado gran riqueza y poder. La corona española, en uno de los primeros intentos por recuperar el control económico fiscal, incrementó la alcabala del 2% al 4% en 1772 y luego al 6% en 1776, mientras que se establecieron aduanas por todo el territorio para mejorar su recaudación. Este incremento no sólo afectó a hacendados, obrajeros, mineros, arrieros y artesanos, sino a todo un gran sector de pequeños empresarios, productores y comerciantes, a los que la triplicación del impuesto afectó en sus modestos ingresos.

En 1776, la Corona decidió separar el territorio del Alto Perú del virreinato peruano y lo incorporó al recién creado Virreinato del Río de la Plata, rompiendo así una unidad económica y política que encontraba sus raíces los inicios de la colonia. Las rutas comerciales se vieron comprometidas aún más con la política de libre comercio de 1778, que abrió los puertos americanos al comercio irrestricto con España. La producción textil del Cuzco se vio directamente afectada debido a que la plata potosina salía ahora por el puerto de Buenos Aires y los bienes importados ingresaban al altiplano por el mismo puerto.

Estas medidas afectaron a sectores de la población que no habían tenido motivos de mayor descontento a lo largo del virreinato. Es por ello que las rebeliones a partir de la década de 1770 tendrían un signo característico diferente de las anteriores, la participación de un mayor número de criollos y mestizos. Sin embargo vale la pena dejar en claro que las reformas borbónicas no afectaron de igual manera a todo el territorio del virreinato del Perú, y generaron más descontento en los espacios donde el movimiento comercial o la mita minera se vio afectada o agudizada. También esto configuró de manera clara los planteamientos y reclamos de movimientos como el de Túpac Amaru II, más ligados a la mita, las aduanas o el reparto, a diferencia de otros sectores como el de la sierra central que siguieron levantándose durante la gran rebelión, pero sin plegarse a ella por exigir otras reivindicaciones.

Los levantamientos en la zona del sur andino y el altiplano no se hicieron esperar. En la década de 1770 se llevaron a cabo una serie de revueltas, siendo las más importantes las de Urubamba, La Paz, Arequipa y Cuzco. La de Urubamba, ocurrida en noviembre de 1777, fue directamente en contra del establecimiento de aduanas y del cobro de alcabalas, y se desarrolló en el pueblo de Maras, donde el corregidor -principal víctima de los levantamientos anticoloniales- logró salvarse. La rebelión de Arequipa fue en contra de la recién inaugurada aduana, la cual fue destruida en enero de 1780. En ambas rebeliones se liberaron a los presos de las cárceles, muchos de los cuales cumplían condenas por deudas. En Cuzco la asonada no pasó de una conspiración debelada antes de estallar, pero que prometía un levantamiento general organizado por criollos, indios y mestizos en contra de la recién inaugurada aduana. Muchos curacas ligados a los hacendados locales se plegaron a la conspiración, asegurando la participación de los indios bajo su cargo. El soplo provino de un cura quien rompió el secreto de confesión, y en junio de 1780 los cabecillas fueron ejecutados. Es en ese contexto de descontento y enardecimiento social que se configuró la rebelión de Túpac Amaru II.