La expulsión de los jesuitas fue sólo el primer paso para un programa más amplio de reformas de la Iglesia en América, por parte de los Borbones. La finalidad era reducir el poder de la Iglesia en América y liberar sus propiedades y bienes para beneficiar el resto de la economía.

La primera medida fue la expulsión de los jesuitas y la expropiación de sus tierras y censos. Para administrar estas adquisiciones crearon el Ramo de Temporalidades, institución encargada de vender por subasta las antiguas propiedades jesuitas. Las condiciones de venta resultaban sumamente atractivas para los compradores, pues los precios eran menores al valor real de las propiedades. Además, se concedían créditos para el pago a plazos. En cuanto a los censos, las rentas que antes le correspondían a la orden, pasaron a ser remitidas directamente a España.

El segundo paso consistió en la desamortización de censos y otras cargas eclesiásticas, es decir, liberaron la tierra de los pagos debidos a la Iglesia. A la vez, se buscó eliminar el régimen de "manos muertas" impuesto sobre ciertas tierras, que impedía su venta legal. No obstante, el inicio de la desamortización se dio en una fecha tardía: 1804. El ministro de Carlos IV, Godoy, decretó la medida intentando consolidar los juros emitidos por la Corona para la guerra con Inglaterra. Ello implicó el pago directo al Estado de todas las cargas eclesiásticas sobre la tierra, asumiendo éste el pago de los intereses sobre estos capitales. Por permitir liberar las propiedades rurales de los pesados vínculos eclesiásticos, esta medida tuvo gran popularidad en España, pero no tanto así en América, porque significó un drenado de importantes recursos hacia la península, sin mayor beneficio para la economía local. El tercer y último paso de las reformas de la Iglesia fue la supresión de la Inquisición. Igualmente, los bienes y censos de este tribunal fueron a beneficio de la Corona.

Por otro lado, la recaudación del diezmo pasó, por decreto real, a juntas controladas por funcionarios reales. En general, estas medidas más bien económicas estuvieron acompañadas por un ataque enfocado a los privilegios eclesiásticos. En 1795 se eliminó la inmunidad del clero ante los tribunales civiles para los delitos graves.

Este conjunto de medidas contra el poder de la Iglesia finalmente probó ser más bien contraproducente para los intereses de la Corona, porque socavó uno de los pilares de la autoridad real en España y América, con lo cual socavaba los fundamentos del absolutismo.