Desde el gobierno de Fernando VI, e incluso antes, los jesuitas habían estado en el centro del debate entre regalistas (partidarios de la autoridad de la Corona sobre la Iglesia) y anti-regalistas (partidarios de la supremacía papal). A ello se agregaban los problemas generados por la guerra en Paraguay, a raíz del tratado de 1750. Y en general, los jesuitas no eran bien vistos por su notoria influencia en la corte, y por sus vínculos con Roma. Incluso se les atribuía un cierto carácter subversivo y regicida. En suma, su carácter independiente e internacional los hacía incompatibles con el ideal de absolutismo de los Borbones.

Razones similares habían llevado a la expulsión de la orden jesuita de Portugal (1759) y de Francia (1762). Pero lo que desencadenó su expulsión de España fue un motín en Madrid en 1766, del que se culpó a los jesuitas, desatándose una fiebre anti-jesuita. Al año siguiente, Carlos III decretó en secreto la expulsión de los jesuitas de España y América. Sus órdenes fueron acarreadas con desusada eficiencia y gran celeridad. Se embarcó a los miembros de la orden hacia Italia, y se expropiaron sus bienes y propiedades en favor de la Corona. Pero ni siquiera en Roma encontraría refugio la orden, pues el Papa Clemente XIV la suprimió en 1773. Sólo sería restaurada recién en 1813.

Esta medida no dejó de traer consecuencias para América. Buena parte de los miembros de la orden expulsados eran criollos con fuertes vínculos en sus regiones de origen, por lo que la medida causó gran descontento. Más aun, algunos de los expulsados desde el exilio se convertirían en activistas en contra del dominio español en América, como por ejemplo Juan Pablo Viscardo y Guzmán, quien escribió la conocida Carta a los Españoles Americanos (1792).