La reforma de la administración colonial partió por el reordenamiento de las divisiones administrativas americanas. Ya se había dado un paso en esta dirección con la creación del virreinato de Nueva Granada (con capital en Bogotá), el cual fue luego abolido y reestablecido definitivamente en 1739. En 1776 se creó el virreinato del Río de la Plata (con capital en Buenos Aires) al cual se anexó el Alto Perú, pues se consideraba que las minas de plata de Potosí resultaban imprescindibles para asegurar la viabilidad económica del nuevo virreinato.

Sin embargo, el principal problema de la administración colonial era el control ejercido por las elites criollas sobre las instancias de poder locales. Ello había sido facilitado por las ventas de cargos (anuladas recién en 1750), pero no se limitaban a ellas. En territorios tan lejanos a España era inevitable que los funcionarios reales se vincularan a las sociedades locales a nivel económico e incluso, mediante matrimonios, a nivel personal. Ello formaba una comunidad de intereses entre ambos grupos, redundando en que la elite criolla era quien en la práctica controlaba el gobierno. La Corona se veía perjudicada por esta situación, pues al no poder hacer valer sus intereses en sus colonias, era constantemente defraudada, sus leyes no eran observadas, al mismo tiempo que el contrabando se incrementaba.

Para resolver esta situación, la Corona emprendió la reforma de la administración colonial, como requisito indispensable para las reformas económicas. El medio usado por Carlos III para llevar a la práctica los cambios administrativos fue la antigua visita general de los Habsburgo, resucitada para nuevos propósitos. Entre 1765 y 1771 José Gálvez, realizó la visita del virreinato de Nueva Granada con gran éxito, al punto que fue recompensado con el marquesado de Sonora. Posteriormente se emprenderían visitas en el virreinato del Perú (1776) y de Nueva Granada (1778).

Uno de los primeros frutos de las reformas administrativas fue la segregación de los criollos de los principales cargos de la administración colonial. Esta labor fue también realizada por José Gálvez, ahora secretario de Indias, de tal manera que la proporción de criollos en las audiencias se redujo de ser la mayoría a sólo entre un tercio y un cuarto. Al mismo tiempo, al haberse abolido las ventas de cargos se restableció la progresión en los nombramientos de oidores, los cuales pasaban de audiencias menores a cargos más importantes en las capitales virreinales como Lima y México, y de allí al Consejo de Indias, en España. De más está decir que esta marginación causó profunda desazón en los círculos criollos.

Paralelamente, se instituyeron nuevos cargos. Para reducir la omnipotencia de los virreyes se creó el puesto de Regente, encargado de asumir las funciones del virrey como presidente de la Audiencia. Un intento similar de nombrar un encargado de los aspectos económicos de los virreinatos no alcanzó el éxito esperado. Para ello se había creado el cargo de Superintendente de la Real Hacienda y una Junta Central de Hacienda, con lo que los virreyes veían reducida su jurisdicción a lo civil y militar. Sin embargo, la oposición fue demasiado grande y este cargo fue suprimido tras la muerte de su impulsor, el secretario de Indias José Galvez, en 1787.

Las reformas no se limitaron a los cargos más altos. Un problema de particular preocupación era el de los Corregidores. Los anteriores monarcas Borbones habían limitado e incluso reducido sus sueldos en la península y las Américas. Para compensar esta pérdida, en 1751 se legalizó el Repartimiento. Esta era una vieja costumbre de los corregidores de indios, hasta entonces practicada profusamente a pesar de su ilegalidad. Tenía dos formas, en la primera el corregidor repartía mercancías a los indios a su cargo, quienes debían aceptarlas obligatoriamente y pagarlas a precios elevados. En la segunda forma, los corregidores repartían dinero para luego recuperarlo en productos tales como la cochinilla o el índigo, lo que convertía a esta forma de repartimiento en una especie de crédito forzado. La primera estaba generalizada en los Andes, mientras que la segunda predominaba en la Nueva España.

Al autorizar los Repartimientos, la Corona se limitó a regular los precios de los bienes distribuidos, pero esta regulación no tuvo mayor éxito, dado que en el corto período de gobierno de los corregidores (generalmente cinco años) éstos debían recuperar la inversión hecha y pagar a las grandes casas comerciales de México y Lima, que eran las que los proveían de crédito y mercancías. El Repartimiento se convirtió en causa de profundo descontento entre las masas indígenas, sobre todo en los Andes.

Para implementar una solución final al problema de los corregidores, la Corona decidió trasplantar a Indias el sistema de Intendencias implementado en España. Ello causó gran polémica, pues se consideraba que si los indígenas se veían libres de los repartos dejarían de participar en la economía de mercado y se volcarían a la autosubsistencia, causando la ruina de los virreinatos. El primer paso hacia el cambio se dio con el establecimiento de la primera Intendencia en Cuba, de forma experimental en 1763. El siguiente paso no se daría hasta que José Galvez ocupó la secretaría de Indias (1775-1787). Gracias a su gestión, en 1782 se crearon 8 intendencias en el virreinato del Río de la Plata. En 1784 se crearon 4 más en el virreinato del Perú y en 1786, otras 12 en el de Nueva España. Además, se crearon 5 en Centroamérica, 3 en Cuba, 2 en Chile y 1 en Venezuela, pero no llegaron a implementarse en el virreinato de Nueva Granada.

Los intendentes concentraban una enorme autoridad en el plano local, a lo que se agregaba que sus jurisdicciones eran mucho más grandes que las de los corregidores, controlando las esferas judicial, económica e incluso religiosa. Para ayudarlos a gobernar existían subdelegados encargados de jurisdicciones más pequeñas. Los resultados obtenidos por los intendentes fueron exitosos hasta cierto punto, beneficiándose sobre todo las ciudades donde se asentaban. Sin embargo, el escaso tiempo en que pudieron desarrollar su actividad (pues la Independencia hispanoamericana estaba a la vuelta de la esquina) no permite hacer un juicio preciso sobre los resultados obtenidos.