Las reformas comerciales constituyen una de los más importantes del programa reformista borbónico. En este aspecto, la política de la Corona se basó en el mercantilismo francés, ejemplificado por el ministro de Luis XIV, Jean Baptiste Colbert (1619-1683). El mercantilismo se basaba en la idea de que los metales preciosos son la base de la riqueza de una nación, por lo tanto debe hacerse todo lo posible para aumentarlos. Esto se traducía en medidas proteccionistas del comercio y la industria con la finalidad de obtener una balanza comercial favorable. Es decir, debían ingresar más metales (en la forma de moneda) de los que salían para pagar las importaciones.

El vínculo entre el mercantilismo francés del siglo XVII y el español del siglo XVIII está dado por la obra de Jerónimo de Ustáriz, "Theórica y práctica del comercio y de marina", publicada en 1724 y reeditada varias veces después. En esta se planteaba la protección de las manufacturas nacionales mediante altos aranceles, la eliminación de las aduanas internas y una activa política estatal a favor de la industria española, a través de la compra de armas, barcos y provisiones para el ejército y la marina. De esta manera, se vinculaba la recuperación económica con la expansión del poderío militar español.

Inspirada en los escritos de Campillo y Cossio ("Nuevo sistema de gobierno para la América"), España eliminó el sistema de flotas y galeones, que se había caracterizado por su ineficiencia y poca utilidad para los comerciantes americanos. Sin embargo, no abandonó el monopolio, pues América debía ser el gran mercado para las manufacturas españolas. Estas serían pagadas mediante unas remozadas agricultura y minería coloniales. Los indios serían importantes clientes en este sistema, incorporándolos de lleno al sistema de mercado, a través de una redistribución de la tierra.

Durante la primera mitad del siglo XVIII el comercio legal trasatlántico había languidecido a causa del contrabando y las concesiones hechas a Inglaterra en el tratado de Utrecht. Tras las reformas, el resultado de estas medidas fue el incremento masivo del comercio trasatlántico, en particular cuando el fin de la Guerra de Independencia con Estados Unidos (1783) trajo la paz con Inglaterra. Pronto las mercancías europeas invadieron los mercados americanos, causando las protestas de los tribunales del Consulado de Lima y México. La sobreoferta de manufacturas causó el desplome de los precios en América, reduciendo considerablemente los beneficios de estos grandes mercaderes. En cambio, resultaron beneficiados una nueva generación de comerciantes pequeños y medianos (en su mayoría nuevos inmigrantes españoles), dispuestos a trabajar con menores márgenes de ganancias. En cuanto a las regiones, los puertos venezolanos y los del río de la Plata lograron incrementar considerablemente su participación en el comercio trasatlántico.

Del lado americano el incremento de la producción de plata cubrió buena parte del incremento comercial, aunque su participación se redujo de un 75% a un 60%. El resto de las exportaciones a Europa estaba compuesto por productos agrícolas: índigo, cacao, tabaco, azúcar, en su mayor parte provenientes de la región del Caribe, lo que revelaba la creciente importancia de regiones antes consideradas marginales del imperio. Las plantaciones se vieron beneficiadas con las Reformas Borbónicas. El mejor ejemplo de ello es Cuba, donde la Corona favoreció la importación de esclavos africanos y harina barata de los Estados Unidos para incentivar la producción azucarera. Esta se vio favorecida por la Revolución de Santo Domingo en 1789, que sacó a esta isla francesa del negocio del azúcar. Además, Cuba producía tabaco, pero no en grandes plantaciones sino en propiedades más pequeñas. Para la década de 1790, la isla exportaba alrededor de 5 millones de pesos, creciendo hasta los 11 millones en la década siguiente. Un éxito similar se logró en Venezuela con la producción de cacao, aquí también sobre la base de la mano de obra esclava.

Sin embargo, el aumento de las exportaciones coloniales españolas se debe contrastar con las cifras de las colonias inglesas y francesas. Entre 1783 y 1787 los ingleses importaron productos de las Indias Occidentales (un puñado de islas en el Caribe) por un valor de alrededor de 17 millones de pesos anuales. Los franceses hacia 1789 importaban de Santo Domingo alrededor de 27 millones de pesos (30 millones según otras fuentes), en su mayor parte en azúcar, algodón y café. En contraposición, las cifras para toda la América Hispánica a comienzos de la década de 1790s (la mejor época del comercio trasatlántico) sólo llegaba a 34 millones de pesos. Esto da una medida de la persistente ineficiencia del gobierno español en América.

El notable incremento del tráfico trasatlántico a raíz del "Libre Comercio" redundó en mayores ingresos para la Corona, sin colmar las expectativas que en él se ponían. En particular, resultaba obvio el fracaso de las manufacturas españolas para sacar beneficios de las Américas. Las mercaderías españolas enviadas a América seguían siendo en su mayor parte productos agrícolas, mientras que las manufacturas (inclusive los barcos mercantes) seguían llegando de otros países europeos. Incluso parece que las manufacturas registradas como españolas (principalmente textiles) eran reexportaciones de manufacturas de otros países con una mínima reelaboración. De igual manera, el comercio seguía estando concentrado en Cádiz, pero dominado por casas comerciales extranjeras.