Hacer un acertado balance del movimiento de Juan Santos Atahualpa ha generado muchos debates en la historiografía contemporánea. Los debates se basan en las posibilidades reales que pudo haber tenido el movimiento para articular un espacio más amplio y de mayor importancia (si hubiese tomado Jauja y Tarma en la sierra central), y el porqué del fracaso de su intento. Otro espacio para la discusión se da sobre el carácter del levantamiento: si el movimiento fue de carácter marginal y no significó una amenaza real a los intereses virreinales, por lo cual se le dejó existir por un espacio de diez años; o si más bien fueron las constantes derrotas militares y la imposibilidad de debelarlo lo que sustentó la duración del movimiento, limitando las acciones españolas a su cerco y aislamiento. Y si fue este aislamiento lo que a largo plazo provocó su desaparición, no sin antes haber mantenido en zozobra una amplia zona selvática, fuera del control español y de la influencia misionera, muchas décadas después de finalizada la rebelión.

Si bien es evidente que el movimiento de Juan Santos tuvo una naturaleza y desarrollo diferentes al de la mayoría de movimientos anticoloniales del siglo XVIII, sobre todo de los que se ubicaron en zonas comercialmente articuladas y de gran importancia para el virreinato, no podemos reducirlo a un simple movimiento marginal por su ubicación geográfica y sus reducidos logros militares. Las repercusiones del movimiento fueron mucho más amplias que sus victorias militares. Es evidente que un movimiento que mantuvo una amplia zona fuera del control virreinal y que arrebató ciudades y produjo numerosas bajas en las tropas españolas, tuvo que alarmar a la administración virreinal. Esto se aprecia en la militarización final de Tarma y Jauja y en las numerosas e infructuosas incursiones al territorio controlado por Juan Santos. Por otro lado, durante la década de actividad del movimiento, otras conspiraciones y levantamientos se llevaron a cabo, como el de Huarochirí en 1750, que contribuyeron a socavar aún más la tranquilidad del virreinato.

La imposibilidad de articular un movimiento más amplio en una zona de influencia de importancia, en este caso la sierra central, creemos que se debió a dos factores. El primero sería la falta de un programa político articulado más allá de los territorios de las misiones franciscanas de la selva central. Allí sí caló rápidamente un discurso mesiánico y milenarista, pero no contribuyó a plegar a sectores de más relevancia política, como curacas o criollos. Ya antes del movimiento de Juan Santos habían existido levantamientos y conspiraciones con programas concretos de reformas virreinales, pero siempre fidelistas al Rey. Algunos incluso ya mencionaban en su discurso el retorno a un pasado mítico, entendido como el imperio de los incas, pero en el fondo proponían cambios concretos. Los etéreos objetivos de Juan Santos Atahualpa no pudieron animar a una zona que era conocida por su combatividad y predisposición a las rebeliones contra la administración virreinal.

El segundo factor fue la inmensa dificultad para organizar una insurrección serrana de envergadura a mediados del siglo XVIII. Existía por entonces una red de espionaje y clientelaje colonial que permitía a las autoridades aplastar cualquier levantamiento. Es muy común encontrar una gran serie de conspiraciones reprimidas de manera ejemplar, gracias a un soplo o a informantes manejados por la Corona. Incluso se contaba con el apoyo de los curas y de los curacas locales, los cuales ganaban honores especiales y prebendas por su colaboración. Las insurrecciones que más tiempo se planearon fueron las que tuvieron más posibilidades de ser descubiertas, mientras que las más espontáneas, pero a la vez más desorganizadas y débiles, fueron las que concluyeron en rebeliones o levantamientos. Así, se entiende la seria dificultad para promover un movimiento como el de Juan Santos Atahualpa en una zona protegida y patrullada. En eso el ejército español tuvo éxito, porque logró aislar el movimiento selvático antes de que entre a Tarma y Jauja, mientras mantenía fuertemente reprimido el territorio serrano de Tarma, Huanta y Huarochirí, una región muy inquieta entre 1744 y 1750. Otra acción estratégica de las autoridades fue exonerar a la población de Tarma de la mita minera de Huancavelica en 1744 y hasta 1761 (según otras fuentes hasta 1772). Tarma se convirtió en le centro de operaciones desde el cual se sofocarían todas las rebeliones de la sierra central de la segunda mitad del siglo XVIII.

Diversas fuentes demuestran que parte de la población de la zona esperaba con ansias la llegada de Juan Santos Atahualpa, como se ve en el comportamiento de los pobladores de Andamarca, que rindieron culto al Inca luego de la invasión de 1752.

La misteriosa desaparición de Juan Santos después de 1752 provocó una serie de rumores populares acerca de una inminente liberación o de una invasión suya al corazón del poder colonial. En Cajamarca en 1753, y en la sierra central en 1756 se difundieron informaciones de la llegada del rebelde y de comunicaciones secretas entre las comunidades y la rebelión. Sin embargo, nunca se volvió a ver a Juan Santos. Su movimiento demuestra, más que su propia marginalidad e insignificancia, que articular un movimiento rebelde en la sierra central acarreaba una serie de dificultades, que iban desde la existencia de pactos con las elites mestizas e indígenas de la zona, como la fortificación y militarización de los poblados. El hecho de que entre el movimiento de Juan Santos y el de José Gabriel Condorcanqui no hayan habido mayores conexiones, evidencia la complejidad de las rebeliones anticoloniales del siglo XVIII.