La zona donde Juan Santos empezó su levantamiento tiene una importancia particular. El Gran Pajonal, ubicado en Tarma, en la selva central, fue un centro de misioneros franciscanos dedicados a evangelizar a las etnias selváticas, así como también de algunos buscadores de oro. En esta región y durante esa época se descubrieron grandes depósitos de sal, que fueron rápidamente explotados por los españoles, utilizando la fuerza de trabajo de la zona, con los conocidos maltratos de la mita colonial. También hay referencias de maltratos por parte de los misioneros franciscanos y sus rígidas reglas, que además no hacían nada contra los abusos de los empresarios de la sal. Otro factor de descontento fueron las enfermedades que traían y que diezmaban a la población aborigen.
Hacia mediados del siglo XVIII los franciscanos habían logrado establecer unas 32 misiones de trescientos habitantes cada una: en total unas nueve mil personas. Otro dato importante es que la selva central fue una zona de constante intercambio de productos y de personas. Principalmente coca, frutas, madera, sal, algodón y otros productos valiosos. La movilización de personas de diferentes orígenes se intensificó, ya que los misioneros y terratenientes llevaban consigo sirvientes y trabajadores serranos, negros y mestizos. Además de estos grupos controlados, hubo otro contingente de disidentes, provenientes principalmente de la sierra, aunque no exclusivamente indios, que encontraron en la selva central una zona de refugio ideal para esconderse de las autoridades. Para mediados del siglo XVIII, estos grupos no controlados tenían una población que sumaba probablemente varios miles.
Por ello es que la llegada de Juan Santos Atahualpa al Gran Pajonal en mayo de 1742, con su mensaje anticolonial, fue muy bien recibida y logró organizar en poco tiempo un contingente de casi dos mil personas. La proclama de Juan Santos, quien aseguraba ser descendiente de los últimos incas, consistía en la expulsión de los españoles del Perú y sus esclavos negros, dejando a los indios, mestizos y criollos en el territorio, a la vez que proponía el retorno al imperio de los Incas, pero sin dejar por completo algunos rasgos culturales ya interiorizados por la población, como el cristianismo. Otro rasgo heterodoxo de su proclama es que la coronación del nuevo Inca no sería en el Cusco, centro de poder por excelencia del antiguo imperio, sino en Lima, la sede política colonial. Rápidamente, surgió en el movimiento un componente mesiánico, en la función del líder como salvador mítico y reorganizador del mundo, y milenarista en su propuesta de cambio del cosmos.
