El segundo militarismo y la Reconstrucción Nacional
Tras la guerra con Chile la sociedad se encontraba destruida y no había ningún dirigente civil capaz de tomar las riendas del gobierno. A la sazón era presidente Miguel iglesias, militar que llevó a cabo la rendición del Perú y la firma del tratado de Ancón en 1883.
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A pesar de no contar con recursos, hizo cuanto estuvo a su alcance por sacar adelante al Perú. Abrió las puertas del Colegio Guadalupe y encargó a Ricardo Palma la reconstrucción de la Biblioteca Nacional, que fue utilizada como caballeriza por el ejército chileno. Las colecciones bibliográficas y archivísticas peruanas fueron enviadas a Santiago.
Constantemente hubo rebeliones por todo el territorio nacional. Sin embargo, su acérrimo enemigo, Andrés Avelino Cáceres, fue quien a la larga terminó por deponer a Iglesias. Entre 1884 y 1885 las tropas comandadas por el mismo caudillo de la Breña atacaron los alrededores de la capital. Tras larga batalla, Cáceres logró tomar la ciudad de Lima y contar con el apoyo popular. Fundó el Partido Constitucional (sarcástico nombre para un partido cuyo líder violaba constantemente la Constitución) y se presentó a las elecciones. Nicolás de Piérola que también se presentó con su partido, el Demócrata, acusó el extremo favoritismo del gobierno transitorio a la figura de Cáceres.
El 3 de junio de 1886, Andrés Avelino Cáceres asumió la presidencia en medio del clamor popular. Su principal objetivo fue la recuperación económica del Perú a través del refinanciamiento del pago de la deuda externa. La deuda alcanzaba los 52 millones de libras esterlinas, un monto impagable si se toma en cuenta que a lo más el Perú tenía ingresos por cerca de 9 millones de soles. Es por ello que Cáceres optó por firmar el Contrato Grace, en condiciones sumamente desventajosas para el Perú. A los tenedores de bonos representados por William Grace se les entregó el usufructo de los ferrocarriles por 66 años y la facultad de explotar más de 3 millones de toneladas de guano. Se le otorgó también la explotación de centros mineros, la producción de carbón ancashino, el tráfico de inmigrantes, los derechos de navegación en la Amazonía, etc. a cambio del pago total de la deuda externa. Gran oposición causó la firma del tratado por lo que Cáceres tuvo que valerse de una rígida expresión de poder, cerrando periódicos, deportando a sus contrincantes y convocando a tres legislaturas extraordinarias. Estos hechos enturbiaron la imagen del héroe de la Breña. Sin embargo, a pesar del oneroso pago, logró mejorar en cierta medida la economía. Las Cámaras de Comercio de Lima, Arequipa y Callao vuelven a funcionar, se fundó la Sociedad de Minería y los grupos extranjeros residentes en Lima fundaron varias asociaciones, bancos y beneficencias.
Terminado el gobierno de Cáceres, le sucede un miembro de su partido, el coronel Remigio Morales Bermúdez. Su gobierno no tuvo mayores alcances; por el contrario, fue en extremo discreto. Morales Bermúdez murió meses antes de concluir su mandato y lo reemplazó el vicepresidente Justiniano Borgoño. Ya para este tiempo Piérola aglutinaba a gran parte de los sectores sociales, por lo que su participación en las elecciones era evidente. Sin embargo, cuando convocan a elecciones solamente se presentó el grupo liderado por Cáceres. Tras una cruenta lucha civil, Piérola se alza con el poder y es proclamado presidente en 1895. Su gobierno fue uno de los más importantes del siglo XIX e inició el regreso de la civilidad al estado. De igual manera durante su gobierno llegaron las ideas modernizadoras que cambiaron la forma de habitar, principalmente en Lima. Se creó la Escuela Militar de Chorrillos y se encargó a Pablo Clement, militar francés, de organizarla. En lo económico sustituyó el patrón monetario de plata por el patrón oro, ganado mayor fortalecimiento la moneda peruana.