Tras casi 40 años de desorden administrativo, el virreinato peruano encontró a un eficiente conductor en Francisco Toledo quien, entre 1569 y 1581, logró establecer el marco político -administrativo que regiría por muchos años en el Perú colonial. Apenas llegado a tierras peruanas, Toledo se informó de todo cuanto había sucedido en el virreinato y de cuales fueron las políticas seguidas hasta ese momento. Reconoció la inexistencia de un adecuado sistema tributario, pues no había un registro del total de habitantes del virreinato. Toledo realizó varias visitas generales a distintas partes del virreinato y, por primera vez, se tuvo registro de los recursos humanos y naturales del Perú. Tras saber el número de posibles tributarios estableció las reducciones: pueblos indígenas en los que se agrupaba a un número de indios (alrededor de 500 familias). Así se sabía con exactitud la cantidad de tributo que debían entregar. Toledo impuso también la mita colonial: tributo en el que los indígenas pagaban con su fuerza de trabajo en las minas, obrajes o construcciones para el estado (puentes, caminos, etc.). Cabe señalar que esta mita se inspiró en el sistema andino, pero no poseía el factor redistributivo que lo caracterizaba en tiempos prehispánicos. Es por ello que esta forma de tributo fue la más molesta para la población indígena. El virrey Toledo estableció que el tributo se pagara en moneda. Así se creaban circuitos mercantiles, se fijaban los montos de tributación y se establecían los precios de los diferentes productos. Sin embargo, los indígenas continuaron tributando en especie hasta bien entrado el siglo XVII. Sin duda, Francisco de Toledo sentó las bases del virreinato peruano pues logró lo que parecía imposible: la ordenación administrativa y política de todo el amplio territorio del Perú. A partir de su obra, los virreyes que siguieron lograron hacer del Perú el más importante virreinato de América