La audiencia La institución más importante después de la figura del virrey fue la Real Audiencia. El virreinato del Perú tuvo dos audiencias: la de Lima (creada por las Leyes Nuevas de 1542 e instalada en 1544), cuya jurisdicción abarcaba toda las ciudades y provincias de América del Sur; y la del Cuzco, creada en 1787; subordinada a la de Lima. En términos generales, la función de este organismo fue una mezcla de poderes, pues no sólo gobernaba en lo político y en lo administrativo, sino que también era un tribunal superior en asuntos civiles y criminales. Sus funciones atañían la elaboración de leyes a favor de los indígenas, tribunal de primera instancia para juicios criminales, corte de apelaciones frente a las sentencias de corregidores y alcaldes inferiores, etc. La Audiencia actuaba como asesor del virrey, por lo que muchas veces absolvió las consultas formuladas por el visosoberano. De igual manera, fue la encargada de tomar las riendas del virreinato cuando el virrey se encontraba enfermo o moría repentinamente. En Lima la Audiencia fue presidida por el virrey y estuvo conformada por los oidores (de número variable llegando a tener durante varios años hasta 12 miembros), dos fiscales, un alguacil mayor, un teniente del Gran Canciller y numeroso personal subalterno. Las leyes que estableció la corona para aislar a los oidores de la sociedad en la que se encontraban pusieron énfasis en el vinculo social y económico que podría obtener el magistrado en la jurisdicción en la que laboraba. Por ejemplo, una de las principales leyes prohibía terminantemente el matrimonio con alguna mujer dentro de la jurisdicción en la que ejercía la magistratura; inclusive la ley se hizo extensiva a sus hijos e hijas. Tampoco podían tener negocios o algún cargo en el tribunal del Consulado. Estas disposiciones fueron muchas veces incumplidas pues los matrimonios y vinculaciones entre los oidores y familias criollas de abolengo fue práctica común en el virreinato peruano. A lo largo de los años existieron siete audiencias en América del Sur. Fueron subordinadas de Lima las audiencias de Santa Fe de Bogotá, La Plata, Chile, Panamá, Buenos Aires y Cuzco. Sin embargo, cabe anotar que durante el siglo XVIII hubo una reforma administrativa en el virreinato peruano (producto de las reformas borbónicas), creándose los Virreinatos de Santa Fe de Bogotá (1717) y del río de La Plata (1767).