Desde los primeros descubrimientos geográficos la corona española fue consciente de la necesidad de crear un organismo que velara por sus nuevos territorios. Tras casi 20 años de exploraciones en el continente americano el reino de España creó el Real y Supremo Consejo de Indias. Si bien empezó sus funciones en 1524, desde un inicio actuó como intermediario entre el rey y las indias y, durante el siglo XVIII, como organismo asesor para las secretarías de gobierno. De este organismo emanaron las leyes y el corpus legislativo base para la administración del virreinato, tanto en México como en Perú. El Consejo de Indias tuvo un campo de acción amplísimo. Fue el encargado de proponer los posibles candidatos a virreyes para las Indias y Filipinas, así como también de los oidores, corregidores y gobernadores de las ciudades americanas. De igual manera, en el ámbito judicial, fue la máxima instancia para las apelaciones de los casos impartidos por las audiencias. En América, la máxima autoridad fue el virrey. Como representante directo del rey fue el encargado de impartir justicia, administrar el tesoro público y velar por la evangelización de los indígenas. No fue tarea fácil administrar un territorio tan vasto. El gobierno de Lima tuvo una carga fuerte, pues era responsable por cada una de las audiencias establecidas en América del Sur: Panamá, Nueva Granada, Quito, Lima, Charcas, Santiago y Buenos Aires. Estas audiencias fueron la base para establecer una serie de redes administrativas que funcionaron de manera eficiente tras las reformas implantadas por Lope García de Castro y Francisco de Toledo durante la década de 1570. Estas reformas incluyeron el censo de toda la población, especialmente la indígena e inició una serie de visitas a las provincias del reino para conocer su situación y elaborar políticas de acción respecto a la mita y las reducciones indígenas, principalmente. La división de la población en república de indios y república de españoles facilitó la tarea administrativa, pues cada uno de estos grupos tuvo funcionarios específicos encargados de velar por sus intereses. Sin embargo, el corregidor de indios, funcionario encargado de la población indígena, muchas veces aprovechó su cargo e impuso onerosos impuestos o se apropiaba de tierras y chacras de cultivo, en detrimento de los vernaculares. De estos cambios resultó el cambio irreversible en los patrones andinos. El Tahuantinsuyo desapareció y dio paso al nuevo virreinato peruano, que siendo casi un calco de su par en España resultó convertirse en un reino de vital importancia para los intereses castellanos.