A lo largo del siglo XVII, el descontento y la situación de opresión ejercida sobre algunos sectores sociales provocó una serie de protestas, tanto pasivas como activas. Las protestas pasivas se manifestaron en juicios, peticiones en juzgados y una serie de reajustes que mantuvieron una tranquilidad relativa. Las protestas activas fueron las conspiraciones, levantamientos y rebeliones, pero en la mayoría de los casos se focalizaron en problemas puntuales y de corta duración. Vale la pena recalcar, sin embargo, que las diversas formas de protesta abarcaron, en su momento, a casi todos los sectores sociales. Desde los españoles peninsulares, como el caso de Pedro Bohórquez: español que convenció a sus seguidores de que era descendiente de los incas y que organizó un levantamiento en Tucumán; hasta los mestizos, que en su mayoría lideraron levantamientos y rebeliones.

Otra característica general de la protesta social activa fue su articulación en ciertos sectores geográficos que albergaban circuitos comerciales o productivos, o en donde su población tuvo un mayor grado de organización. Por ejemplo, la zona del Alto Perú y toda su red comercial, que comprendía la sierra sur peruana, fue un foco de levantamientos constantes. Así como también la sierra de Lima y la zona de las misiones franciscanas en la selva peruana. Estas protestas se debieron a que las zonas comercialmente más desarrolladas se vieron afectadas por las constantes presiones fiscales y laborales ejercidas por la Corona. Sobretodo a partir de las Reformas Borbónicas. De la misma forma, estos fueron los motivos que provocaron movimientos más grandes y articulados, llegando hasta la rebelión de José Gabriel Condorcanqui.

En cambio, en las zonas marginales de la selva, donde los misioneros franciscanos y jesuitas eran los únicos representantes del estado virreinal, los levantamientos respondieron más a la tradicional combatividad de los pobladores de la zona y al descontento originado por la obligatoriedad de la prédica cristiana y por los trabajos forzados para la manutención de la institución eclesial.

En cambio, en el resto del territorio y la población funcionó, con relativo éxito, un régimen de inclusión social, aunque con una diferenciación interna marcada. De esta manera, el nuevo estado colonial pudo desarrollarse sobre el vasto territorio dejado por los incas. Este sistema buscó jerarquizar la sociedad y permitir la satisfacción de necesidades y prebendas, por un lado, mientras acentuaba la distinción entre los sectores sociales, divididos en castas. Por eso, una de las mayores dificultades de los movimientos rebeldes fue la de resolver el problema de la diferenciación social virreinal, e incluso la diferenciación heredada desde la época prehispánica: las luchas entre curacas y etnias.

Hay que señalar, que los mecanismos de inclusión y represión del estado virreinal fueron aceptados mayoritariamente por la población, de lo contrario el dominio español sobre sus colonias no hubiese podido sostenerse durante cuatro siglos. La división de los líderes y la atomización de los movimientos rebeldes no se debieron únicamente a los mecanismos represivos e ideológicos españoles, sino que además estos líderes y movimientos no fueron capaces de establecer un discurso articulado con los diversos sectores sociales y geográficos. Además, luchaban solo por reivindicaciones menores y contra personajes específicos (autoridades menores), siendo así fáciles de reprimir.

Un elemento aparte en el estudio de la protesta social viene desde el campo de la historia de la ideas, y es el referido a la "utopía andina". Postulada por el historiador Alberto Flores-Galindo en 1987, la utopía andina hace referencia al pasado incaico como la génesis de los movimientos indígenas, incluyendo también a mestizos y criollos. La tesis, que es discutida académicamente hasta el día de hoy, ha contribuido a que se tome en cuenta no sólo los factores políticos y económicos de las revueltas, sino también las ideas e imaginarios que construyeron los diversos sectores de la sociedad virreinal. Si bien es evidente que la idea del incanato no fue la misma para los criollos que para los indígenas, ni fue la misma en el siglo XVI que en el XVIII, no se puede dejar de lado la referencia al pasado como elemento cohesionador, y que fue un factor utilizado por diversas culturas a los largo de los siglos, y sin el cual cualquier estudio socio-histórico quedaría incompleto.