El investigador francés Nathan Wachtell en su famoso libro La visión de los vencidos acuñó el termino desestructuración para referirse a la forma como es que los hombres andinos asimilaron el traumatismo de la conquista. Este traumatismo según dicho autor no duró solo el tiempo en que los españoles llegaron y se asentaron en el Perú, sino que esta desestructuración continuó por muchos años más.

Al igual que en muchas partes de América, la presencia de los españoles en el Tahuantinsuyo supuso un cambio drástico en las costumbres y actividades de los indígenas. No solo tuvieron que asimilar una cultura completamente diferente a la suya, sino que estas poblaciones sufrieron un impacto sociocultural que transformó para siempre su forma de percibir el mundo.

Lo ocurrido en el Tahuantinsuyo ya había ocurrido años atrás en las islas caribeñas y México. En primer lugar hubo una explotación generalizada de la mano de obra a través del sistema de encomiendas, pues se obligaba a trabajar en la explotación y búsqueda del oro, tal como sucedió con los indios taínos del caribe. El trabajo excesivo, la desestructuración social (causada por la sistemática práctica de desmembrar grupos familiares dispersándolos por diversas partes del territorio) y las nuevas enfermedades traídas al nuevo continente, fueron las principales causas del abrupto descenso demográfico en las poblaciones que iban desde México por el norte hasta el Perú por el sur. La población aborigen en ciertas partes del continente desapareció casi por completo (sobretodo en el Caribe) teniendo que recurrir a la importación de esclavos negros de las costas africanas.

Las enfermedades llegaron al Tahuantinsuyo mucho antes que los conquistadores, inclusive el cronista indígena Juan de Santa Cruz Pachacuti en su "Relación de Antiguedades de este Reino del Perú", indica que Huayna Capac murió de sarampión. La mortalidad fue alta especialmente en el litoral, precisamente la zona con mayor presencia española. Sarampión viruela y disentería fueron las enfermedades que mayor estrago causaron entre la población nativa arrasando prácticamente con casi todos los poblados entre los 0 y 1,000 metros sobre el nivel del mar. La resistencia indígena fue otra de las principales causas de mortandad en los primeros años de presencia española en el Perú. Desde 1532 hubo una constante lucha entre españoles e indígenas. Las batallas entre uno y otro bando desestructuraron la economía indígena pues muchas veces eran levados pueblos enteros como apoyo en la guerra, dejando sin hombres que cultiven o cosechen los campos agrícolas; siendo ello también causa del declive demográfico. Estas luchas terminarán 40 años después, tras el ajusticiamiento de Tupac Amaru I en 1572 por orden del virrey Francisco de Toledo.

En el aspecto cultural las consecuencias tuvieron profundas consecuencias. Los españoles implantaron su cultura y en particular la religión católica pues esta era la principal justificación de la conquista. Las campañas de evangelización apuntaron a destruir el imaginario indígena y a convertir a la religión cristiana a todos los indígenas. El resultado de esta campaña fue el sincretismo religioso y cultural que hasta el día de hoy es posible verlo en fiestas y costumbres andinas. Los indígenas incorporaron los elementos cristianos y culturales españoles, pero los comprendieron dentro del marco conceptual andino.